研究所では核拡散の心配なく使用済み核燃料を画期的に圧縮するための処理方法を研究開発しており、関連施設は２００７年に稼動されるが、ＩＡＥＡでは処理の過程で多量のプルトニウム抽出が可能として懸念を示しているという。ＩＡＥＡに近い消息通は、「今回の調査の核心となるのは、韓国が使用済み核燃料を減らす過程でプルトニウムを分離していないとの点を明確にすること」と述べている。
これに対し科学技術部は、「該当施設は韓国原子力研究所が大田地域に建設中の施設で、ＩＡＥＡ側には２００４年７月に施設の初期設計情報を提出し検証済み。プルトニウムとは何の関係もない」としてプルトニウム抽出を否定した。韓国とＩＡＥＡ間の核安全措置協定と追加議定書に従い、研究施設の初期設計情報を提出するとの義務事項は順守していると強調した。８月にもＩＡＥＡ査察官が現地を訪問し査察を実施しているという。
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