監査院は該当事件と関連し、2022年6月16日、国防省と海洋警察などがこれまでの発表内容を覆し、「イ氏が北朝鮮に渡る『越北』を認める証拠は発見できなかった」という捜査結果を出したため、国防省や海洋警察など9機関を対象に監査を実施した。監査の結果、汎政府的な対応が必要な危機状況が発生したにもかかわらず、海洋警察庁や統一省、国防省など関係機関は関連状況を適切に把握して伝えなかったり、関連の後続措置を履行しなかったりしたことが判明した。
イ氏が北朝鮮の海域で生存時に、関係機関は状況を報告・伝達せず、身辺保護や救護措置を行わなかった。特に、イ氏の殺害や焼却事実の隠蔽と責任回避のため、国防省は関連秘密資料を削除し、北朝鮮への通知文などにもイ氏の殺害事実を記載せずに行方不明の状態であるかのように作成した。海洋警察は、イ氏が北朝鮮の海域で発見されなかったように、最初の失踪地点での捜索活動を続けた。統一省は事件の認識時期を不当に変更した。
また、国防省などは、軍諜報にない不正確な事実を根拠に、公務員が自発的に越北したと判断した分析報告書を作成し、マスコミなどに発表したことが明らかになった。国家情報院は自発的な越北が不明確だと分析しながらも、これを関係閣僚会議に報告しなかった。
国防省は、軍が「遺体焼却」で一貫して判断したことを知りながらも、安保室の方針に従って「遺体焼却不明」に判断を変更した。国家情報院は「遺体焼却」で分析した後、新たな証拠がないにもかかわらず「浮遊物焼却」に判断を変えた。
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