合同参謀本部の下部組織である戦略司令部は、首都防衛司令部があるソウルの南泰嶺に置かれる。
戦略司令部は「玄武」系列の弾道ミサイルやステルス戦闘機、3000トン級潜水艦など軍の戦略資産を指揮する。敵の核や大量破壊兵器(WMD)攻撃を抑止する任務にあたる。
戦略司令部が発足することで、北朝鮮の核・ミサイルに対応する韓国軍の組織規模も大きくなった。戦略司令部は北朝鮮のミサイル発射の兆候を探知して先制攻撃するキルチェーン、発射されたミサイルを迎撃する韓国型ミサイル防衛体系(KAMD)、北朝鮮から攻撃された場合に指導部などに報復攻撃を行う大量反撃報復(KMPR)からなる「韓国型3軸体系」を統括する。
ただすべての機能を戦略司令部に一度に移管した場合、作戦遂行の効率が落ちる可能性があるという判断から、KAMDについては当分、従来通り空軍作戦司令部を中心に運用する。
戦略司令部はまた、大陸間弾道ミサイル(ICBM)、潜水艦発射弾道ミサイル(SLBM)、核早期警報システムなどを統制する米戦略軍のカウンターパートになり、韓米の核戦力と通常戦力の統合についても議論する。
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