高校時代の記憶を失ったウニ（キム・ソヒョン）は母校に教官として赴任してから、訳の分からない歓迎と幻聴に苦しめられはじめる。
被害者でもありながら問題児のハヨン（キム・ヒョンス）は惹かれるように入った学校の閉鎖されたトイレで、霊の声を聞くことに。そこで同じ苦しみを抱えるウニに会う。
2人は校内で起こる怪奇現象がトイレにいるものと関係があることを知り、死の恐怖に陥るのだが…。

韓国映画「女高怪談 六番目の話：母校」は過去の記憶を失ったまま母校の教官として赴任した女性教師が校内の問題児に出会い、長い間隠されてきた場所を発見、忘れていた衝撃的な記憶の実態に向き合う物語だ。「女高怪談」シリーズの最新作である。